Однако у профессиональной востребованности была и оборотная сторона. Работа архитекторов зачастую вызывала немало жарких споров. Критика со стороны различных экспертов, недовольство их доминированием на рынке – все это создало стрессовую ситуацию для Кюннапу. Как он сам отмечал, в какой-то момент ему было даже страшно выходить на улицу. Последней каплей стала реакция на его проект Viru Keskus, в результате которой у архитектора возникли проблемы со здоровьем, и он попал в больницу.

После этих событий у Кюннапу начался творческий кризис, и полностью пропало желание заниматься искусством. Чтобы найти способ выйти из этого состояния, он стал путешествовать. Между тем важную роль в поиске нового направления в жизни сыграло путешествие по Эстонии. На острове Найссаар  проводила лагерь группа индийцев, в котором Кюннапу тоже удалось поучаствовать. Полученный спиритуальный опыт помог ему освободиться от так называемого внутреннего интеллектуала, и после этого он стал больше обращать внимание на духовные вещи. Кюннапу также путешествовал по Непалу, и увиденные там буддийские ступы во многом повлияли на его дальнейшее искусство – практически во всех его дальнейших проектах присутствуют различные башни, которые, как отмечает архитектор, создают энергетические потоки.