В постановке показана встреча двух противоположных сил: с одной стороны – царство Тьмы Царицы Ночи, с другой – царство Света доброго и мудрого Зарастро. Царица Ночи отправляет принца Тамино освободить из царства Света свою дочь Памину. В пути принца ждет много препятствий и испытаний. С помощью волшебной флейты и верного товарища Папагено он находит правду, любовь и просвещение. В царстве Зарастро Тамино и сам становится просвещенным, а царство Тьмы вынуждено отступить. Простой, но добродушный Папагено терпит в основном неудачи, однако находит счастье со своей возлюбленной Папагеной.

При написании либретто главным источником вдохновения Шиканедера было масонское братство с его ритуалами и символами (Шиканедер, и Моцарт были активными членами масонских лож). Однако в конце XVIII века в Вене было всего несколько сотен масонов, поэтому маловероятно, что они написали оперу, понятную лишь горстке людей. Но, как и другие сказки, это произведение можно понимать на разных уровнях. Наиболее очевидная отсылка к масонству – это путешествие Тамино, испытания, которые ему приходится преодолевать во втором акте и обряд посвящения.

Во время премьеры оперы император Иосиф II снова начал преследовать масонов, поэтому пропаганда соответствующих идей была смелым шагом со стороны авторов. Но в то же время публика не узнала все нюансы тайных масонских ритуалов, поскольку в центре внимания оперы оставались свойственные сказочным историям элементы волшебства.